Consiste numa interacção complexa entre os sistemas nervoso, endócrino e imunitário.

Ao impor agulhas de acupunctura em pontos específicos do cavalo há uma estimulação dos mesmos cujo resultado é a libertação de endorfinas, relaxantes musculares e histaminas, que promovem o alívio e tratamento da dor.

A prática da acupunctura na medicina equina é usada designadamente em problemas músculo esqueléticos no pescoço, dorso e em claudicações.